Высший руководящий орган Ассоциации - Совет, в состав которого входят руководители органов законодательной и исполнительной государственной власти регионов, генеральный директор Ассоциации.

Совет рассматривает ключевые вопросы развития Дальнего Востока и Забайкалья. Выбирает из своего состава председателя и заместителя председателя Совета, утверждает генерального директора исполнительного органа Ассоциации - Дирекции, обеспечивающей деятельность Ассоциации между заседаниями Совета.

Основное рабочее звено Ассоциации - профильные координационные советы. В настоящее время действуют координационные советы по: экономическим вопросам; внешнеэкономической деятельности; промышленности, науке и инновационным технологиям; транспорту и транспортной инфраструктуре; агропромышленному комплексу; социальной политике; туризму; Комитет по устойчивому развитию бассейна реки Амур.

Ассоциация взаимодействует с Государственной Думой, Советом Федерации Федерального Собрания, Правительством Российской Федерации, с Аппаратом полномочного представителя Президента России в ДФО, с международными организациями и зарубежными представительствами. Участвует в организации международных и межрегиональных форумов, конференций, семинаров и выставок.

На уровне местных органов власти Дирекция Ассоциации является координатором деятельности следующих органов: Российско-Американского Тихоокеанского партнерства; Российско-Китайского Координационного совета по межрегиональному и приграничному торгово-экономическому сотрудничеству; Постоянной смешанной комиссии «Дальний Восток России-Хоккайдо»; Российско-Японской инициативной рабочей группы по межрегиональному сотрудничеству.

Деятельность Ассоциации условно можно разделить на четыре этапа.

На первом этапе с 1991 по 1995 гг. проходило её становление, формировались правовая база и методы работы. Решались текущие вопросы территорий. Правовая основа организации Ассоциации была закреплена в Указе Президента РФ от 11.11.91 г. «Об обеспечении условий по повышению роли и взаимодействия республик в составе РСФСР, автономных образований, краев и областей в осуществлении радикальной экономической реформы».

Второй этап с 1995 до 2000 года характеризовался переходом от решения текущих проблем к перспективным вопросам развития территорий. В 1995 году по инициативе Ассоциации была разработана и в 1996 году принята Федеральная целевая программа «Экономическое и социальное развитие Дальнего Востока и Забайкалья на 1996-2005 гг.», продленная в дальнейшем до 2013 г.

Третий этап с 2000 по 2008 гг., характеризуется тем, что в этот период были сформированы и начали свою деятельность федеральные округа, и часть функций по обеспечению межрегионального взаимодействия отошла к новым органам.

Четвертый этап, начавшийся в 2009 году, характеризуется концентрацией усилий Ассоциации на разработке Стратегии социально-экономического развития Дальнего Востока и Байкальского региона до 2025 года (далее – Стратегия-2025) и Плана ее реализации, программы «Экономическое и социальное развитие Дальнего Востока и Байкальского региона на
2014-2018 гг. и на период до 2025 года».

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 28 декабря 2009 года № 2094-р Стратегия-2025 была утверждена. Проект Плана реализации Стратегии-2025 неоднократно прорабатывался на заседаниях Совета Ассоциации, совместных совещаниях Координационного совета по экономическим вопросам Ассоциации и аппарата полномочного представителя Президента РФ в Дальневосточном федеральном округе с участием представителей Министерства регионального развития и Министерства экономического развития Российской Федерации.

В результате коллективной работы План мероприятий по реализации Стратегии утвержден Правительством РФ в марте 2011 года.

Важнейшим инструментом реализации Стратегии-2025 должны стать разрабатываемые Государственная программа «Экономическое и социальное развитие Дальнего Востока и Байкальского региона» и ФЦП «Экономическое и социальное развитие Дальнего Востока и Байкальского региона на 2014-2018 гг. и на период до 2025 года». Вопрос их разработки неоднократно ставился на заседаниях Совета Ассоциации. Причем подчеркивалось, что разработка новой ФЦП должна вестись без ущерба для завершения существующей ФЦП «Экономическое и социальное развитие Дальнего Востока и Забайкалья на период до 2013 года».

Ассоциация держит на постоянном контроле процесс разработки названных программ и принимает в нем активное участие.

Ассоциация стала для органов власти регионов институтом, способствующим решению актуальных проблем и подготовки аргументированных предложения для принятия решений по межрегиональным связям.